車体は、アルミニウム合金による中空トラス断面のダブルスキン構造を採用した。トンネル微気圧波を低減するため、車体高をE954形 (FASTECH 360 S) と同じく3,650mmとし、車体幅は3,350mmとした[7]。車体傾斜を考慮して、車体側面を内傾させている[7]。

先頭車の先頭形状は、E954形8号車の「アローライン」を基にした「ダブルカスプ」形とし、トンネル微気圧波の低減を図っている。また、ノーズの長さをE954形の16mから、約15mに短縮しており[新聞 42]、先端部分には、連結器を収納した開閉式の連結器カバーと下部にスノープラウが装備されているが、新函館北斗方の先頭車である10号車は、他形式と併結運転を行うため、電気連結器付き密着連結器と自動開閉カバーが装備されている。キャノピー状となった運転台には、上部に前照灯（4連）と尾灯を備えており[3]、前面にワイパーが2本装備されているが、その内の1本は非常用であり通常は使用されない。運転台後部から乗務員扉の間には、機器室を設置したため、その間は長い通路となっている。量産先行車であるU1編成ではN700系と同じように、両先頭車（1号車と10号車）の運転台側の乗務員扉が内開きのプラグドア、客用扉が内プラグドアとなっており、他の車両は客用扉は通常の引き戸となっていたが、量産車であるU2編成以降では客用扉の内プラグドアは廃止され、通常引き戸となっている。